La estimación MLE de una variable (o parámetro) es el valor que maximiza la función de semejanza. La aproximación o enfoque de Felsenstein (1981) es estimar los parámetros del proceso de substituciones y la longitud de las ramas de cada árbol. Entonces selecciona entre las topologías de árboles al considerar las semejanzas relativas. La topología del árbol con la mayor semejanza es seleccionada como la estimación MLE de la filogenia. Estas podrían ser distribuciones gamma. Visite también http://mw511.biol.berkeley.edu/like/mle