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La cuenca del Titicaca comprende la actual Bolivia y el sur del Perú, y representa una de las zonas de gran riqueza histórico-arqueológica en los Andes. El atliplano - alto, frío y semiárido - fue habitado por primera vez alrededor de 5000 a.C. o antes por pequeñas bandas de cazadores-recolectores arcaicos.  A partir del 2000 a.C., aparecen los primeros agricultores que vivían en aldeas permanentes, desarrollando el cultivo de quinua, papa y otros tubérculos, y la domesticación de camélidos: la llama y la alpaca.

Unos siglos después, la cuenca del Titicaca se distinguió por la temprana e independiente aparición de grandes cabeceras que compartían una tradición religiosa regional expresada en los patios hundidos, montículos artificiales, monolitos de piedra bellamente tallados, cerámica fina y otra parafernalia ritual.  Cuando el mayor de estos centros, Pucará, decayó, emergió un nuevo poder que llegó a una posición dominante: el estado de Tiwanaku, cuya capital se encuentra al sur del lago en lo que hoy es Bolivia.  En Tiwanaku, los sectores de los populares, los de las élites y de los artesanos se ubicaban alrededor de un núcleo ceremonial conformado por montículos monumentales, patios hundidos finamente acabados y espectaculares monolitos de una escala sin precedentes. Las cosechas de cientos de hectáreas de campos agrícolas construidas por Tiwanaku entraban en la ciudad, así como los productos exóticos obtenidos de zonas distantes del núcleo principal.

El colapso de Tiwanaku se produjo alrededor del año 1000 y marcó el inicio de una época conflictiva de fragmentación política, con elevados índices de confrontación bélica y el surgimiento de nuevas prácticas ceremoniales y funerarias. Se sucedieron fuertes sequías que asolaban la región, dificultando el cultivo de las tierras y centrando la actividad económica de sus pobladores en el pastoreo. Los sitios defensivos y fortificados ubicados en las altas colinas son clara evidencia del conflicto intenso. 

Alrededor del año 1450, los Incas conquistaron la región. Ellos introdujeron cambios importantes en la cuenca del Titicaca, tal como el establecimiento de ciudades en una red de carreteras formales, la introducción de nuevas poblaciones de colonos y la construcción de grandes instalaciones en los centros sagrados de Copacabana y las islas del Sol y la Luna. 
Después de la conquista española, la cuenca del Titicaca se mantuvo activa como eje de circulación. Aun cuando las poblaciones locales aguantaban los enormes tributos e impuestos, los señores nativos se enriquecieron del intercambio entre Cuzco, Arequipa y las minas de plata de Potosí.

EL PERIODO INTERMEDIO TARDÍO

Este proyecto pone énfasis en el período posterior al colapso de Tiwanaku, un momento en que, según las crónicas, los reinos poderosos surgieron al norte y oeste de la cuenca, gobernados por señores de linaje hereditario. Estas fuentes ejercieron una fuerte influencia en la concepción teórica posterior acerca de las sociedades de la cuenca del Titicaca, especialmente los Collas y los Lupacas. Sin embargo, investigaciones arqueológicas recientes dentro del territorio Lupaca sugieren la fragmentación política, la confederación dispersa y el énfasis reducido en diferencias de estatus, que contrasta con las crónicas (Frye 1997; Frye y de la Vega 2005; Stanish 2003; Stanish et al. 1997 ). 

De otro lado, las investigaciones sobre los Collas han sido escasas limitándose a reconocimientos no sistemáticos (Kidder 1943; Neira 1967; Tschopik 1946), las excavaciones de Julien en Hatuncolla (1983) y las excavaciones en el complejo del cementerio de Sillustani (Ruiz 1973, 1976; Revilla y Uriarte 1985; Ayca 1995).  Recientemente, se han realizado prospecciones sistemáticas cuyos datos aun no han sido publicados.

Investigaciones previas realizadas por Arkush han centrado en los patrones regionales de asentamiento de las pukaras (fortalezas) junto con la organización espacial de los sitios. Los patrones de asentamiento de las pukaras sugieren que los Collas pueden ser mejor definidos como pequeñas unidades políticas regionales, basadas cada una en una red de sitios defensivos, que eventualmente conformaron grandes confederaciones. Evidencias superficiales de diferenciación de estatus puede observarse en la arquitectura, aunque son limitadas. Los Colla parecen ser muy distintos de las sociedades anteriores de la cuenca del Titicaca, que habían utilizado las ceremonias y la difusión de bienes de prestigio para integrar poblaciones dispersas. El Proyecto Machu Llaqta fue orientado a investigar esta interrogante con mayor profundidad.