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C 型肝炎病毒 有很多種基因型,現在已經有九大類及三十種以上的亞型被確認,並且其數目仍在持續增加中。Simmonds 氏分類 (1994) 已經被一般人所廣泛接受使用。他依據發現順序用阿拉伯數字表示主要類別,而使用小寫羅馬字母來分別表示亞型。