A型流感病毒在很多动物体内被发现，包括鸭子、鸡、猪、鲸、马和海豹。

共存在有16种不同的血凝素亚型和9种不同的神经氨酸酶亚型，所有的亚型都在野生动物的A型流感病毒里被找到。

野生鸟类是所有亚型的A型流感病毒的主要自然储存库，也因此被认为是A型流感病毒在所有其他动物间传播的源头。

大多数流感病毒在鸟类引起无症状的或轻微的感染，然而，症状的范围却极大的取决于流感病毒的株型。

某种A型禽流感病毒（比如一些H5和H7的病毒株）感染可以引起一些野生的尤其是家养鸟类的广泛疾病和死亡，比如鸡和火鸡。

猪除了能感染猪流感病毒外，还可以感染人和禽流感病毒。被感染的猪获得和人类相似的症状，如咳嗽、发热和流鼻涕。

由于猪对禽、人和猪流感病毒都易感，它们很有可能同时被不同物种的流感病毒所感染（比如鸭子和人）。如果这件事发生了，来自不同物种的病毒很可能会重组从而产生一种新的病毒。